img
PCR-RFLP optimisation for OPRM1 rs540825 and rs510769 gene polymorphisms and their allele/genotype frequencies in Turkish population    
Yazarlar
Doç. Dr. Selin ÖZKAN KOTİLOĞLU
Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi, Türkiye
Özet
Amaç: Opioid bağımlılığı, çevresel ve genetik bileşenleri olan önemli bir halk sağlığı problemidir. Opioidlerin başlıca hedefi olan mu opioid reseptörü (MOR) OPRM1 geni tarafından kodlanmaktadır. OPRM1 geninde bulunan polimorfizmlerin MOR’un fizyolojisini ve özelliklerini değiştirdiği gösterilmiştir ve bunun opioid bağımlılığında bir etkisi olabileceği düşünülmektedir. OPRM1 polimorfizmlerinden rs540825 ve rs510769’un madde bağımlılığı ile ilişkisi yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Bu çalışmanın amacı bağımlılıkta ve bağımlılık tedavisinde önemi gittikçe artan OPRM1 rs540825 ve rs510769 polimorfizmleri için güvenilir, güçlü ve her laboratuvarda uygulanabilecek bir genotiplendirme yöntemi geliştirmektir. Yöntem: OPRM1 gen polimorfizmlerinden rs510769 için yeni ve rs540825 içinse iyileştirilmiş polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon parçacık uzunluk polimorfizmi (PCR-RFLP) tekniğine dayanan yöntemler geliştirilmiştir. OPRM1 geninde bu iki polimorfizmin bulunduğu bölgeler PCR ile çoğaltılmış ve sonrasında da rs540825 için NlaIII enzimi ve rs510769 için SspI enzimi kullanılarak RFLP yöntemi uygulanmıştır. Sağlıklı bireylerden oluşan 70 kişilik bir Türk popülasyonu örneklemi üzerinde geliştirilen yöntemler test edilmiştir. Bulgular: OPRM1 rs540825 ve rs510769 polimorfizmleri için PCR ürünleri sırasıyla 276 baz çifti (bç) ve 563 bç uzunluğundadır. OPRM1 rs540825 için kesim ürünleri yabanıl AA genotipi için 276 bç iken polimorfik TT genotipi için 153 bç ve 123 bç boyutundadır. OPRM1 rs510769 polimorfizmini içeren PCR ürününün kesimi sonucunda polimorfik TT genotipi için 364 bç, 146 bç ve 53 bç’lik ürünler elde edilirken, yabanıl CC genotipi için 417 bç ve 146 bç boyutunda kesim ürünleri elde edilmiştir. OPRM1 rs540825 polimorfizminin alel ve genotip frekansları A aleli için % 29 ve T aleli için % 71 olarak, AA genotipi için % 10, AT genotipi için % 38,6 ve TT genotipi için de % 51,4 olarak hesaplanmıştır. OPRM1 rs510769 polimorfizmi için, bireylerin %60’ının CC genotipine, sırasıyla % 24,3 ve % 11,4’ ünün CT ve TT genotiplerine sahip olduğu gösterilmiştir. OPRM1 rs510769 polimorfizminin alel frekansları C aleli için % 75 ve T aleli için % 25 olarak belirlenmiştir. Sonuç: Yeni, güvenilir ve uygulaması kolay PCR-RFLP yöntemleri OPRM1 geninde bulunan rs540825 ve rs510769 polimorfizmlerinin genotiplendirilmesi için geliştirilmiştir. Ayrıca bu polimorfizmlerin alel ve genotip frekansları Türk popülasyonunda belirlenmiştir.
Anahtar Kelimeler
OPRM1 geni,tek nükleotit polimorfizmi,PCR-RFLP,optimizasyon,genotiplendirme
Makale Türü Özgün Makale
Makale Alt Türü Ulusal alan endekslerinde (TR Dizin, ULAKBİM) yayımlanan tam makale
Dergi Adı Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi
Dergi ISSN 0377-9777
Dergi Tarandığı Indeksler TR DİZİN
Makale Dili Türkçe
Basım Tarihi 09-2023
Cilt No 80
Sayı 3
Sayfalar 355 / 364
Doi Numarası 10.5505/TurkHijyen.2023.43433
Makale Linki http://dx.doi.org/10.5505/turkhijyen.2023.43433