A new method to quantify atmospheric Poaceae pollen DNA based on the trnT-F cpDNA region
Yazarlar (6)
Şenol Alan Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi, Türkiye
Tuğba Sarışahin
Dr. Öğr. Üyesi Aydan Acar Ankara Üniversitesi, Türkiye
Ayşe Kaplan Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi, Türkiye
Prof. Dr. İbrahim Erdoğan Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi, Türkiye
Prof. Dr. Nur Münevver Pınar Ankara Üniversitesi, Türkiye
| Makale Türü |
Özgün Makale
(SSCI, AHCI, SCI, SCI-Exp dergilerinde yayınlanan tam makale)
|
||
| Dergi Adı | Turkish Journal of Biochemistry (Q4) | ||
| Dergi ISSN | 1303-829X Dergi Bilgileri (2018) | ||
| Dergi Tarandığı Indeksler | SCI-Expanded | ||
| Makale Dili | İngilizce | Basım Tarihi | 06-2018 |
| Cilt / Sayı / Sayfa | 44 / 3 / 248–253 | DOI | 10.1515/tjb-2018-0020 |
| Makale Linki | https://www.degruyter.com/document/doi/10.1515/tjb-2018-0020/pdf | ||
| UAK Araştırma Alanları |
|
||
| Özet |
| Amaç: Atmosferdeki polen, küf sporları, bakteriler ve virüsler alerjik semptomlara ve hastalıklara neden olan temel biyolojik maddelerdir. Polen ve sporların ayırt edilmesi oldukça zaman almakta ve eğitimli uzman gerektirmektedir. Bu maddelerin teşhisi için mikroskobik analiz gibi farklı yaklaşımlar bulunmaktadır. Bununla beraber, son zamanlarda bunların DNA temelli teşhisi popüler hale gelmiştir. Bu çalışmada Yüksek hacimli hava örnekleyicisinden (HVAS) elde edilen örneklerde trnT-F cpDNA’ya özgü primerler kullanılarak amplifiye edilen DNA miktarı ile Burkard tuzağı ile toplanan Poaceae polen konsantrasyonu arasındaki korelasyon değerlendirildi. Gereç ve Yöntem: Burada, tek aşamalı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tekniği kullanılarak havadaki Poaceae poleni tanımlamak ve ölçmek için bir yöntem sunulmuştur. HVAS tarafından toplanan kırk günlük örneklerde, iki farklı yöntem optimize edildi ve trnT-F cpDNA bölgesi, Poaceae’ye özgü bir primer çifti kullanılarak çoğaltıldı. DNA ve polen konsantrasyonu arasındaki korelasyon, R istatistik programlama dili kullanılarak test edildi. Bulgular: M1 ve M2 yöntemleri arasında anlamlı bir korelasyon olmasına rağmen (R2 = 0,655, p < 0,01), M2 yöntemi polen konsantrasyonu ile daha fazla ilişkiliydi. Polen ve DNA içeriği arasındaki korelasyon, polen mevsiminde gözlenen bölümler nedeniyle değişiklik göstermiştir. M2 yöntemi kullanılarak PCR verilerinden elde edilen DNA konsantrasyonları ile ışık mikroskobu ile belirlenen polen konsantrasyonları arasında hem II. Bölümde (R2 = 0,767, p < 0,01), hem de tüm sezon boyunca (R2 = 0,469, p < 0,01) önemli derecede ilişki bulunmuştur. Sonuç: M2 yöntemi, Zonguldak ili atmosferinden elde edilen karışık örneklerdeki Poaceae polenlerinin doğru bir şekilde belirlemiştir. Kodlanmayan trnT-F cpDNA bölgesi ilk kez aerobiyolojik örneklerdeki Poaceae polenlerini belirlemek için kullanılmıştır. DNA özütlemesi gerektirmeyen bu metodun kullanımı ileride geliştirilecek eş zamanlı polen izleme cihazlarının önemli bir adım olabilir. Polen ve çoğaltılan DNA içeriği arasındaki ilişkinin kuvveti daha düşük emme kapasitesine sahip bir örnekleyici ve qPCR gibi daha hassas bir tekniğin kullanımıyla arttırılabilir |
| Anahtar Kelimeler |
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
| Atıf Sayıları |